Sektorowe analizy rynkowe w głównych branżach rolno-spożywczych po integracji Polski z Unią Europejską potwierdzają obok pozytywnych procesów niekorzystne tendencje ekonomiczne. Postępuje bowiem relatywne tanienie produktów rolnictwa zarówno w stosunku do cen podstawowych środków produkcji, jak i cen żywności przetworzonej. Zmniejszają się przewagi na poziomie cen producentów surowców i wyrobów przetworzonych polskich wytwórców na jednolitym europejskim rynku, co może utrudniać utrzymanie, a tym bardziej umacnianie pozycji polskiego eksportu rolno-spożywczego.
Ten system wspierania rolnictwa może też mieć w dłuższej sekwencji czasowej ujemny wpływ na procesy w produkcji (świadomie kreowany przez nową Wspólną Politykę Rolną Unii Europejskiej), ale także na spowolniony postęp w modernizacji systemów wytwórczych, a w tym na przemiany strukturalne i konsolidację ziemi w gospodarstwach chłopskich (instrument modulacji polegający na degresywnych stawkach dopłat bezpośrednich dla gospodarstw rolnych o sile ekonomicznej powyżej 50 ESU rocznie). Program Rozwoju Obszarów Wiejskich na lata 2007-2013 w Polsce wprowadził degresywny system finansowego wsparcia większych gospodarstw, a te powyżej 300 ha użytków rolnych wyeliminował z istotnych instrumentów wsparcia, jak np. dopłat do gospodarstw leżących na obszarach rolniczo niekorzystnych.